Scandalul „Poli” a inceput in 1999. Atunci, suparati pe Claudio Zambon, care nu investise in echipa suma pe care o promisese, edilii timisoreni au format o noua echipa, AS Politehnica Timisoara. In 2000, clubul fondat de autoritatile locale a primit locul nou-promovatei Fulgerul Bragadiru, mutata de Anton Dobos, cu jucatori cu tot, in Banat. Noua entitate primeste denumirea de Poli AEK Timisoara, dupa asocierea cu membrii fondatori ai FC Politehnica, dar este schimbata in FCU Politehnica Timisoara, dupa ce a fost vanduta catre firma Balkan Petroleum, condusa de Marian Iancu. In 2002, echipa italianului retrogradeaza in liga a treia si este mutata la Bucuresti. Litigiul dintre cele doua parti, ambele condsiderandu-se continuatoarea vechii Poli Timisoara, a ajuns la Tribunalul de Arbitraj Sportiv (TAS) de la Lausanne, care i-a dat dreptate lui Zambon. In 2007, echipa lui Iancu si-a schimbat numele in FC Politehnica Stiinta 1921 Timisoara, dar TAS a considerat ca denumirea e usor de confundat cu cea a clubului ajuns in Liga a IV-a Bucuresti. Cum termenul limita pentru schimbarea numelui era data de 30 iunie 2008, iar clubul putea fi exclusa din Cupa UEFA, competitie in care se calificase la finalul sezonului 2007-2008 al Ligii I. In consecinta, de la aceasta data, clubul a fost redenumit Fotbal Club Timisoara, iar culorile oficiale clubului au devenit mov-alb-negru.